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奉行所随一の「自堕落男」と呼ばれている神谷玄次郎。しかし、いざ事件が起きると、天才的な集中力と鋭い監察眼、卓越した勘とひらめきで、真犯人を追いつめてゆく時代劇ミステリー。

北町奉行所の定廻り同心である神谷玄次郎は、所内ではもっぱら自堕落な男、と評判。そんな玄次郎だが、抜群の推理力で昼夜を問わず1人で事件を探索し解決してしまうため、彼を「ろくでなし」とののしる上司も、難解な事件となるとつい頼ってしまう。そして、玄次郎が密かに心の奥に決意していることは、14年前、亡き母と妹を殺した犯人をあげて、その事件に決着をつけることなのだ。当時、奉行所は、その犯人を挙げるべく捜査したものの、上からの圧力によって、捜査を中断。かなりの大物が、事件の真相に絡んでいるはずなのだ。玄次郎は、事件解明に向けて、走り出す…。

[出典：NHK公式]

ろうそく屋・菊屋の娘が人さらいにあった。事件の五日前、店先で刀を振り回していた浪人・半蔵（前川泰之）が捕まったが、菊屋の女房の兄と分かり放免される。北町奉行所の同心・神谷玄次郎（高橋光臣）は怠け者だが腕が立つ。神谷は小料理屋・お津世（中越典子）の店に入り浸りながら菊屋の内情を調べ、菊屋の子守・お杉の証言が出来すぎていることに疑念を抱く。ある夜、菊屋に、娘の身の代として五百両を用意せよと文が届き…。

水茶屋で働くお咲（黒川芽以）には兵馬（中林大樹）という恋人がいる。兵馬は、貧乏旗本の次男で、家を出てお咲とともに商売をやりたいと常々言っており、そんな兵馬をお咲も信用していた。そんな折、水茶屋の女が通り魔に殺されるという連続殺人事件が起きた。神谷玄次郎（高橋光臣）が手がかりをたどっていくと、なんと、兵馬に行き着いた。だが、彼を下手人とする手がかりがない。神谷は持ち前の洞察力で真相に迫ってゆく。

絵草子屋一色堂の主人・庄兵衛が殺された。神谷玄次郎（高橋光臣）の同僚・鳥飼道之丞（山崎樹範）らは、はじめ、庄兵衛の隣に寝ていた後妻のおるい（雛形あきこ）に目を付けた。しかし、おるいは否認を続ける。一方、神谷は独自の捜査を通して、勘当された庄兵衛の息子・鉄之助（山下徹大）を捕まえる。鉄之助の家から動かぬ証拠の凶器が発見されたのだ。一件落着かと思われた矢先、おるいが一転、自分が犯人であると言い出した。

神谷玄次郎（高橋光臣）と恋仲であるお津世（中越典子）の、死んだはずの夫・峰吉（山口馬木也）が３年ぶりに舞い戻ってきた。妻子を残し出て行ったことをお津世にわびる峰吉をみて、神谷はお津世から身を引くことにする。これでお津世は幸せになれるはずだった。しかし、この峰吉という男、実は盗賊の松五郎と共謀し、江戸で悪事をひと働きしようともくろんでいたのだった。男の裏切りが発覚した時、神谷の悲しみの剣が舞う。

１４年前、神谷玄次郎（高橋光臣）の父・勝左衛門は、札差・井筒屋の不正を追っていた。しかし、脅迫者に妻娘を殺され、気落ちした勝左衛門は志半ばにして病死した。玄次郎はある事件がきっかけで、１４年前の事件の黒幕がときの老中・水野（西田健）と知る。玄次郎は父の仇を討つため、死を覚悟し、今は引退した水野に迫ろうとする。そしてついに、母と妹を殺した実行犯である腕の立つ浪人・鶴木右膳（豊原功補）との一騎打ちにのぞむ。

不真面目、自堕落、極まりなく、ひらめき、優しさ、この上なし。藤沢周平の名作をドラマ化した「神谷玄次郎捕物控」がパワーアップして帰ってきた物語巴屋に３人組の押し込みが入った事件を調べていた北町奉行所の同心・神谷玄次郎（高橋光臣）は、岡っ引きの銀蔵（中村梅雀）に妙な相談をもちかけたおとせ（高岡早紀）を知る。その後、おとせが何者かに襲われた。おとせは事件の重要な手がかりを白状する…。

岡っ引の幸太が長門屋の裏手路地であやめられた。神谷玄次郎（高橋光臣）はその下手人と疑われる作十（石橋蓮司）という人足を調べ始める。やがて作十が長門屋の主人の宇兵衛（篠田三郎）に会いに来たことがわかる。実は宇兵衛と作十はかつての盗人仲間。貧乏暮らしの作十は、借金を抱えているのに親切にしてくれる隣の女のために宇兵衛に金を無心しに来たのだ。しかし娘の祝言が近い宇兵衛は、過去の悪行を知る作十が邪魔になり…

小料理屋よしのの板前で元岡っ引の弥助（高橋和也）は、元の女房・おようの父から一通の文を見せられる。そこには「岡場所から救い出して欲しい」と書いてあった。おようの行方を探り始めた弥助は、彼女が材木問屋の高麗屋に一時奉公していたことを突き止める。一方、玄次郎（高橋光臣）たちは高麗屋に流れ星と呼ばれる盗っ人が入った件を調べていた。そして、昔おようが理不尽な理由で高麗屋から追い出されたことを知る。

玄次郎（高橋光臣）が同心仲間の鳥飼（山崎樹範）のなじみの料理屋で飲んだ夜、磯六（不破万作）が橋の上で何者かに殺される。磯六はかつて同心だった鳥飼の父に、人の悪行を密告することで日銭を稼いでいた「たれこみ屋」。犯人が鳥飼の命も狙っていたことから、玄次郎は磯六と鳥飼に恨みを持つものが下手人ではないかと推理し、ある老人を特定するが、その老人はすでに病死。しかし、そこから意外な犯人が浮かび上がってきて…。

小間物屋・伊沢屋の若い女房お品（宮本真希）が出かけたきり三日も帰って来ず、番頭の庄七が銀蔵（中村梅雀）に相談したやさき、四日目にして帰って来た。お品は家を空けた三日間の記憶が無いと言い、主人の新兵衛（渡辺いっけい）も、これは神隠しに違いないと言い張る。不審に思った玄次郎（高橋光臣）はお品の意外な過去を知る。そしてお品が消えた三日間、行方がわからなくなっていた人物がもう一人いた事を突き止めた。

料理屋の女中おやえ（須藤温子）の斬殺死体が見つかった。玄次郎（高橋光臣）の調べで、おやえは元々岡場所にいたこと、そこで小間物屋・井筒屋忠兵衛（金田明夫）に身請けされていたことがわかった。さっそく忠兵衛を訪ねてみると、すでに店を番頭に譲って行方がわからない。玄次郎が忠兵衛を探し当て問いただすと、忠兵衛はおやえを殺した下手人に復しゅうするために店を捨てたと言うが、その下手人探しが意外な大捕物に発展する

小料理屋のおかみ・お鳥が殺された。同時に勤め先の金を使い込んでお鳥に貢いでいた新七（石田卓也）の姿も消えた。玄次郎（高橋光臣）や銀蔵（中村梅雀）、それにお鳥の手下も新七の行方を追うが見つからない。新七は通りすがりのおすみ（福田麻由子）の家に飛び込み身を隠したのだ。新七は捕まる前に、重い病を患っている母に一目会いたいという。おすみはそんな新七に同情し、自分の家にかくまう。事情を知った玄次郎は…。

米問屋・奥州屋の女中・おそのは、店に長年奉公した惣六の娘。三月の間勤めた後、嫁入りのために奥州屋を辞めた。その直後、奥州屋の長男・重吉が何者かに殺される。重吉は博打場に頻繁に出入りし店の女中にも片っ端から手を出すという遊び人だった。玄次郎（高橋光臣）の調べではおそのも重吉に手篭めにされ、その後もしつこくつきまとわれていたという。最初に疑いをかけられたのはいいなずけの信助だったが、下手人は意外にも…